1999年，又被国家科技部批准为国家高新技术创业服务中心；2000年底，张江高新技术生产力促进中心更名为“张江高新技术创业服务中心”，更加强化对孵化企业的服务功能；2002月，与张江开发公司的招商中心共同组建上海投资创业服务有限公司，形成从招商——服务的一条龙。孵化器孵化的范围、在孵企业数量也在快速扩大，从第一代的孵化面积仅2000平方米，孵化企业不过家；发展到第二代包括科技创业基地、浦东软件园（一期）和国家火炬互联网创业中心三个孵化基地，孵化面积约万平方米，在孵企业近家。1999年下半年“聚焦”战略颁布后，以技术创新为核心，积极培育中小创新企业成长的张江技术创新区率先启动，张江科技创业基地、浦东软件园、国家信息安全成果产业化（东部）基地、国家留学生创业园和高校高科技产业园五大新生代孵化器随之先后崛起，孵化面积达万平方米，在孵企业近152家。
随着行政审批制度改革的开展，园区内政府职能大为弱化，或委托、或直接下放，服务功能得到空前加强：中介服务机构数量快速增长，服务水准朝着多样化和高级化的方向发展。目前，园区已引进和组建了一批具有代表性的咨询公司、风险投资公司、法律、会计、审计等中介公司以及行业协会，为孵化企业和创业企业创造了一个有利的商业环境和发展平台。
与此同时，张江孵化器也积极推进信息传递、投资融资、创业文化、生活服务等创业服务体系的建设：加强与知名机构的合作，注重专业培训；搭建信息交流平台，构建全方位的信息服务；提供多层面的金融服务，拓宽园区投融资服务渠道；开展形式多样的创业活动，增强园区创业氛围。在孵企业成长迅速：如大道计算机公司，入园不到一年，就从概念期步入了收获期，2001年人均产值达120万元人民币；金海岸租赁公司成功地使网上的信息流与现实的物流、商流、资金流实现融合与互动，租赁业务迅速从上海向华东地区、全国乃至西欧、北美扩展，成为在业内具有广泛影响力的专业公司；金苹果咨询公司、搜罗网络公司、互联网系统公司等一批新经济企业都实现了大踏步的飞跃；微创医疗器械公司、复旦张江生物技术公司等纷纷“下楼落地”；经营年的复旦张江已于2002在香港创业板上市，成为园区创业企业上市第一家。截止2001年底，张江园区累计引进孵化项目152个，吸引投资额71,970,000美元（详见下表）。
张江高科技园区孵化项目情况
项目数量吸引投资额
项目数量（个）%千美元%
孵化项目
15271,970
其中：生物医药
28.3
20,690
