mol pqr complex.pqr end
elec name complex mg-para ofrac 0.1 pdime 2 2 2 async 0 dime 97 97 97 fglen 150 115 160 cglen 156 121 162 cgcent mol 1 fgcent mol 1 mol 1 npbe bcfl sdh ion 1 0.150 2.0 ion -1 0.150 2.0 pdie 2.0 sdie 78.54 srfm mol chgm spl0 srad 1.4 swin 0.3 sdens 10.0 temp 298.15 calcenergy total calcforce no write pot dx pot end quit
这将生成一个名为pot.dx 的OpenDX-格式势能图，它对应于并行计算中处理器0的输出结果。使用async 1, async 2, ..., async 7 运行其它的APBS计算将相应地产生剩余处理器的OpenDX 图。如上面所述，使用mergedx可将这些图整合到一块。 Chapter 9. 怎样将APBS用于我的分子动力学软件 (for MM/PBSA, 等)?
Robert Konecny (McCammon group) 开发的 iAPBS 软件包提供了APBS与AMBER, NAMD, 和 CHARMM 的C/C++/FORTRAN 对接。更多详细的信息可见 iAPBS homepage.
APBS 也与正在开发的TINKER软件包新版本进行了对接。具有APBS支持的 TINKER 很快可以从http://dasher.wustl.edu/tinker/得到。
Chapter 10. 怎样通过网络运行APBS? (Gemstone) 目录
10.1. 获取 Gemstone
10.2. 使用PDB2PQR准备结构 10.3. 使用APBS进行静电计算
通过Gemstone 服务，你可以在网上运行APBS。本章节将展示Gemstone 怎样通过
command-line 对接进行大多数的APBS计算。更方便的一点是，你能使用NBCR's的资源来代替自己的！ 10.1. 获取Gemstone
在开始之前，你需要为Firefox网页浏览器下载并安装Gemstone扩展，可从http://gemstone.mozdev.org获得。 10.2. 使用PDB2PQR准备结构
我们将从使用PDB2PQR准备结构开始。首先，你需要从 Protein Data Bank下载PDB文件。First, you need to download a PDB file from the Protein Data Bank。在这个例子中，我们使用1FAS (从这里直接下载here)。
从Firefox 菜单打开Gemstone 对接Tools → Gemstone。在Gemstone 屏幕右边的Gemstone 菜单中选择应用PDB2PQR： Utils → PDB2PQR 。选择你刚下载的PDB文件以及你关注的其它关于PDB2PQR的选择。这时，屏幕应如下所示： Figure 10.1. Gemstone PDB2PQR 计算
到前面\计算，检查stdOut和stdErr获取任何提示信息，下载生成的PQR文件。
10.3.使用APBS进行静电计算
现在我们准备好了通过Gemstone 进行1FAS 静电势能的APBS计算。打开Gemstone 屏幕右边的Chemistry → Apbs 菜单。下面的章节我们将逐个讲解中间部分的输入标签。 10.3.1. 计算
移至中间部分的calculation 标签。
大部分“数学”设置可不需更改；当然，你也可以试着修改离散化和表面定义来看一下对你的结果有何影响。
在 \下，载入上面章节中准备好的1FAS PQR文件。 本次计算中，在\下不要选择任何选项。 这时，你的屏幕应如下所示：
Figure 10.2. Gemstone APBS/Calculation screen
10.3.2. 格点
下面，移至中间部分的Grid 标签。
在\下，设置 X, Y, and Z \值为97。
在 \下， X, Y, and Z \都设为100。选中Center Grid on molecule。 在\下，X, Y, and Z \都设为80。选中Center Grid on molecule。 在此次计算中不用管\。 这时，你的屏幕应如下所示： Figure 10.3. Gemstone APBS/Grid 窗口
10.3.3. Physics
下面，移至中间部分的Physics标签。
