Figure 3.1. Arc repressor isocontours in VMD
3.1.4.2. 表面势能可视化
静电势能可视化的另一个常用方式是将静电势能map到生物分子的表面。开始之前，在Graphical Representations 窗口中用Delete Rep 来删除刚才创建的两个等势线图层。
1. 在Graphical Representations 窗口(从VMD主窗口中选择Graphics →
Representations...)中使用Create Rep按钮创建新的图层。
2. 在\标签下改变绘图方式至\[2] ，着色方式改至\。 3. 在\标签下改变\至-10 to 10（或其它偏好的值）。 4. 基于你所使用的VMD版本和个人偏好，你可能想改变图像的颜色标度 。在VMD
主窗口中选择 Graphics → Colors...，然后在弹出的颜色控制窗口中选择\标签。传统的静电着色设置是\（在Method 菜单中）。
现在，你的分子看起来应该如下图所示：
Figure 3.2. Arc repressor surface potential in VMD
3.2. PyMOL
PyMOL分子可视化软件包提供了运行APBS计算和对得到的静电势能结果进行可视化处理的支持。我们将对怎样在PyMOL 中利用APBS由PDB文件得到结构和势能图作基本描述。
注意
本教程基于PyMOLX11Hybrid 0.99 。
3.2.1. 生成PQR文件
我们将以fasciculin-2 （PDB ID 1FAS)为例，它是一种能结合到带负电的乙酰胆碱酯酶上的蛇神经毒素。请参见Section 2.3, “由PDB文件生成PQR文件（PDB2PQR）来生成PQR文件。 在PyMOL 中载入生成的PQR文件 (File → Open...) ，选择你喜欢的显示方式。 3.2.2.进行静电计算
点击Plugin → APBS Tools... 打开APBS计算插件。
1. 在APBS Tools 窗口“Main ”标签下， 选择Use another PQR ，然后搜索所需PQR
文件(通过Choose Externally Generated PQR: 按钮)或直接输入PQR文件的路径 。这一步是必须的，它保证了你使用的是PDB2PQR 所赋予的半径和电荷。
2. 在APBS Tools 窗口\标签下，搜索至APBS程序(通过APBS binary
location: :按钮) 或直接输入其路径。对大多数生物分子来说APBS psize.py binary 项不需设置。
3. 在APBS Tools 窗口\标签下，设置在计算过程中生成的各种
文件的路径。如果你想保留生成的文件以待后用，这一步是十分必要的。
4. 在APBS Tools 窗口\标签下，, 单击Set grid 来进行空间格点设置。默
认设置对除高度荷电的分子外一般都是适用的。
5. 在APBS Tools 窗口\标签下，设置其余的参数，默认值通常是可行的。 6. 在APBS Tools 窗口\标签下，单击Run APBS 按钮开启APBS计算。根
据计算机运算速度，计算可能需要几分钟时间。计算结束后Run APBS按钮会灰化。
3.2.3. 静电势能可视化
在进行下面的操作之前，你需要将静电势能数据载入PyMOL 。在APBS Tools 窗口
\标签下，点击Update按钮。 3.2.3.1. 静电势能等势线
PyMOL可轻松进行此操作:调整正电和负电“等势”场至所需值(通常是 +/-1, +/-5, or +/-10 kT/e[4]) ，单击Positive Isosurface 、Negative Isosurface和 Show 按钮。 这时，你将得到如下所示图形：
Figure 3.3. +/- 1 kT/e electrostatic potential isocontours of FAS2 in PyMOL
3.2.3.2. 表面势能
如果没准备好，你可以通过点击Positive Isosurface 、Negative Isosurface 和Hide按钮来隐藏等势线。
表面势能也可直接看到。设置 \和\至所需值(通常是 +/-1, +/-5, or +/-10 kT/e) ，表面被设着色以红色（-）或蓝色（+）。检查\和 \on sol. acc. surf.\按钮来在溶剂可及(probe-inflated or Lee-Richards) 表面上绘制势能图[5]。单击 \显示按钮载入表面势能。
Figure 3.4. +/- 5 kT/e electrostatic surface potential of FAS2 in PyMOL
3.3. PMV
警告
[1]
正在创建 – 目前一些PQR结构和力场结合时表面被破坏。
应用 PARSE对可视化似乎是最好的选择。
[2]
FYI, 这会生成分子或Connolly 表面，而不是溶剂可及表面或Lee-Richards 表面。我个人喜欢这种可视化方式...
[3]
虽然我喜欢为+1 和 -1 ion species 选0.150浓度值，但静电性质并没有被过度夸大。 注意PyMOL 在contour 值上有一个小的单位错误。
[4]
[5]
在我看来，溶剂可及表面更能揭示表面势能的整体特征。更密实的表面(比如，van der Waals 和分子或Connolly 表面) 似乎是简单地将电子表面电荷map到分子表面。
