面全面发展。在办学方针上，蔡元培坚持“思想自由”“兼容并包”的原则，大力提倡学术民主，反对用政治干涉学术，反对专己守残的文化专制主义，主张不因人废言，让学术上的不同流派自由竞争。他指出：“我素信学术上的派别是相对的，不是绝对的；所以每一种学科的教员，即使主张不同，若都是‘言之成理，持之有故’的，将让他们并存，令学生有自由选择的余地。”同时，他也坚持“教育独立”的原则，声言：“教育是帮助被教育的人，给他能发展自己的能力，完成他的人格，于人类文化上能尽一分子的责任；不是把被教育的人，造成一种特别器具，给抱有他种目的的人去应用的。所以，教育事业当完全交予教育家，保有独立的资格，毫不受各派政党或各派教会的影响。”
经过这些改革和整顿，北京大学的面貌焕然一新。蒋梦麟在《西潮》一书中这样描述北大在蔡元培领导下出现的深刻变化：“北大在蔡校长的主持之下，开始一连串的重大改革。自古以来，中国的知识领域一直是由文学独霸的，现在，北京大学却使科学与文学分庭抗礼了。历史、哲学和四书五经也要根据现代的科学方法来研究。为学问而学问的精神蓬勃一时。保守派、维新派和激进派都同样有机会争一日之长短。背后拖着长辫、心理眷恋帝制的老先生与思想激进的新人物并坐讨论，同席笑谑。教室里，座谈会上，社交场合里，到处讨论着知识、文化、家庭、社会关系和政治制度等等问题。这种情形很像中国先秦时代，或者古希腊苏格拉底和亚里士多德时代的重演。”
主持北大期间，蔡元培还对促进新文化运动的发展起到了独特的作用。他任北大校长后，在思想自由、兼容并包的原则下，排除来自各方保守势力的压迫和反对，大力延聘像陈独秀、胡适、李大钊、钱玄同、高一涵、鲁迅、刘半农等这样一些新派学人为北大教员，使新文化运动的力量汇聚到北大。尤其是他支持陈独秀将《新青年》杂志迁到北大，更是对新文化运动的发展起了关键的作用。《新青年》迁到北大后，由于北大进步师生的加盟，改变了以前作者多为皖人的局限，
宣传内容更广泛，影响也更大，开始真正扎根到“新青年”之中。而在《新青年》的影响下，北大进步师生创办的《新潮》《每周评论》《国民》等杂志，又进一步扩大了新文化运动在全国的影响。这样，新文化运动便在北大进步师生的共同努力下，从原来由陈独秀等少数人提倡的文化运动变成有大批青年学生拥护的全国性的思想解放运动，而北大也由此成为这场运动的中心。对于蔡元培在新文化运动这一发展中所起的作用，梁漱溟说过一段十分肯綮的话，他说：“所有陈胡以及各位先生任何一个人的工作，蔡先生皆未必能作，然他们诸位若没有蔡先生，却不得聚拢在北大，更不得机会发抒。聚拢起来，而且使其各得发抒，这毕竟是蔡先生独有的伟大，从而近二三十年中国新机运亦就不能不说蔡先生实开之了。”
在1919年“五四”反帝爱国运动中，身为校长的蔡元培十分同情和支持广大青年学生的爱国热情。他不但拒绝接受当时北洋政府开除参加游行示威学生的指令，而且亲自出面，多方营救被捕学生。5月7日晨，他率领北大师生在汉花园红楼前面的文科广场迎接被捕学生归来，对他们备加慰勉。第二天在得知北洋政府决定撤免他的北大校长的职务后，他担心因他个人的进退导致学生与政府的冲突，为了保护学生，便于当日毅然提出辞呈，一人承担责任。蔡元培在学生运动中所表现出来的这种忍辱负重的高尚品德，不愧为学界的楷模，深得广大师生的尊敬和拥戴，北京、上海等地的学界立刻掀起声势浩大的“挽留蔡校长”运动。在广大师生和社会舆论的压力之下，北洋政府只好让步，总统徐世昌不得不签署挽蔡的命令。9月，在五四运动的目标基本实现后，蔡元培在各方的劝说下，返京回校任职。
然而，作为一位教育家，蔡元培并不赞成学生过多的卷入政治，闹学潮。他回北大复职后就一再呼吁北大学生尽快回到求学救国的道路上来。他指出：“现在一般社会也都知道政治问题的重要，到了必要的时候，他们会对付的，不必要学生独担其任。现在学生方面最要紧的是专心研究学问。”因此，蔡元培对“五
四”后北大出现的学潮多持反对的态度。在1922年的“讲义费风潮”中，他甚至与学生发生直接冲突，开除一名带头闹学潮的学生。
五四期间，随着蔡元培将教育文化视为最重要的事业，他的政治态度也发生了明显的变化。在追求国家独立和民主政治中，他不再主张任何激烈的阶级斗争和社会革命，而只赞成和平渐进方式的改良，表现出明显的自由派知识分子的立场。1922年5月，他与王宠惠、陶行知等16人，联名发表由胡适起草的《我们的政治主张》，希望在军阀吴佩孚的统治之下，在中央出现一个“好人政府”。与此同时，他反对孙中山为护法而诉诸武力，主张南北双方通过和平谈判，实现国家的统一。在与反动军阀的斗争中，蔡元培转而采取一种典型的学人式的斗争手段——不合作主义，即以辞职告退的方式作为与军阀、官僚、政客当权者进行斗争的主要武器。1923年1月为抗议直系军阀和一部分官僚政客蹂躏人权，破坏司法独立，制造“罗文干贿赂案”，蔡元培毅然向总统黎元洪提交辞呈，并发表声明，表示耻于与反动政客为伍，要求辞去北大校长的职务。7月，他便携眷第四次赴欧游学。
党国元老，功在科教
1927年南京国民政府成立后，蔡元培虽然因为他早年的特殊身份和经历，同时也由于他当时参与了蒋介石策划的反共清党活动而被奉为党国元老，在南京国民政府中历任数职，但他并没有由此迷恋官场，而是始终保持一位学人的本色，把精力主要用在发展教育和科学事业上。
为实现他的教育独立的夙愿，蔡元培在南京国民政府成立不久，即以教育行政委员会委员的身份，着手改革官僚化的教育部，筹划仿效法国教育行政制度，组织中华民国大学院，作为全国最高学术和教育行政机关；同时提议改革地方教育行政制度，在全国推行大学区制，以取代省市教育厅局的职能，由一部分教授
和专门研究教育的学者来负责教育，避免学术教育官僚化、衙门化，避免外行领导内行，实现专家办教育。1927年10月蔡元培出任大学院院长后，又提出以科学化、劳动化和艺术化作为新的教育方针，强调对一切事物，都要不轻信，不盲从，考其所以然，穷究其因果关系，让学生树立科学的态度和方法，“养成科学头脑”，同时打破劳力与劳心的成见，养成劳动观念，培养学生的艺术兴味。由于蔡元培的教育理念与南京国民党政权的“党化教育”多相抵触，他在教育行政制度方面实行的改革在国民党内遭到强烈的非难，不到一年，大学院便于1928年8月遭废止。
