第二，“市管县”体制增加了层次，加大了行政管理成本，降低了行政效率。市管县之前，我国的行政层级由中央－省－县（市）－乡（镇）四级组成，虽然省县之间有一个地区行署，但毕竟是一个虚制层级。市管县后，省县之间的层次由虚变实，行政层次变由中央－省－市－县（市）－乡（镇）五级组成，这在秦汉以来是不多见的，在世界上也是不多见的。
大量的理论研究成果证实，行政组织每多出一个层次，信息的失真率就会成倍增加。从科学管理角度而言，信息传递的中间环节要尽可能减少，以缩短决策层和实施层的行政距离，便于上下沟通，提高工作效率。“市管县”体制人为地制造出一个中间层级，凡是县与省之间需要上情下达或下情上达的问题，无论是政策性的还是业务性的，本来可以直接沟通，但现在却不得不经由市一级中间层次，与地管县时相比，信息传递增加了一套程序，影响了信息传递速度，降低了行政效率。
第三，“市管县”体制下城市的经济辐射作用普遍存在“小马拉大车”的现象。市管县的主要目的是以中心城市的优势地位拉动所辖县的经济发展，但是，并非所有的市都能起到这一作用。事实上，除传统的省会城市和一些中等发达城市带动力量较强外，一些工业基础薄弱甚至是由县级升为地级规格的城市就很难有力量来帮助县级和乡村的发展，这些城市一般都远离中心经济区，带县的数量也较多。
第四，城市虚化现象严重。市管县体制虽然推动了城市化的发展，但也造成了城市化进程中的另一个后果，那就是广域型城市的大量出现。如杭州市与杭州市区不知何指（杭州市可以指浙江省省会的小杭州市，也可以指管5个县市及8个区的大杭州市），重庆一度成为“世界第一大城市”（将重庆市人口加上所辖县市人口的统计）等怪诞的现象。县乡农民变成了“市民”，但城市的农业人口依旧占很大比重，二、三产业的比重也很小，而非真正意义上的城市。
第五，“市管县”体制虽然表面上解决了原来的地市矛盾，但实际却出现了更为尖锐的市县、区县之间的矛盾，部分地方市县貌合神离，市县关系相当紧张。根据宪法规定，县和市是两个平行的行政区域主体，市管县之间的法律关系，只是市接受省的委托，对县的各项工作进行代管，而非法律意义上的管辖。县与市辖区不同，不构成市的组成部分。但在市管县后，许多市视县为附属行政单位，要求县的经济发展从属于市区经济发展的需要，存在着侵占县及农村地区利益的趋向，导致这两个利益主体的冲突。在计划经济体制后期，“市”往往通过截留指标、资金、争项目、财政提取和各种行政审批侵占县的利益；在市场经济条件下，城乡的资源不是依据市场的原则来配置，而是以人为的行政力量来分配，自然会进一步侵害“县”及农村地区的利益，从而形成所谓“市压县”、“市卡县”、“市挤县”、“市吃县”或“市刮县”的现象，严重影响束缚了县域经济社会的发展。
第六，“市管县”体制增加了“干群距离”，减弱了群众的近距离监督，加大了干部腐败的蒙混过关心理，不利于廉政建设。由于仕途层次多，基层领导更换太频繁，不利于县域经济的健康持续发展。
四、“省管县”体制改革实践
随着社会经济发展以及市场经济体制的建立和完善，“市管县”体制的弊端显露出来，严重束缚县域经济发展。壮大县域经济成为冲破“市管县”体制的新动力。许多地区进行了一些针对“市管县”体制改革的有益探索。
浙江省可以说是最先实行省管县体制改革的省份之一，2002年8月17日，浙江省委办公厅下发“浙委办(2002)40号”文件，将313项审批权下放给绍兴、温岭等20个县(市、区)。这份文件后来被浙江省有关部门简称为“40号文件”。浙江省把地区一级的经济管理权限直接下放给包括绍兴县在内的20个县（市、区），经济上近似“省管县”，涵盖了计划、经贸、外经贸、国土资源、交通、建设等12大类扩权事项，几乎囊括了省市两级政府经济管理权限的所有方面，这种“直管”还扩展到社会管理职能，如出入境管理、户籍管理、车辆管理等，重点是县财政直接对省负责。文件里用四个字表述扩权的总体原则——“能放都放”。这种改革模式成效是显著的，使全省县域经济得到发展，成为全国的排头兵。在第五届全国县域经济基本竞争力评价中，浙江省有27个县（市）进入全国经济百强县（市）行列，居全国31个省市区之首。
