年终时，财政和预算单位设置整理期，用于处理未达账款等事宜。整理期结束后，财政国库管理机构、财政国库支付执行机构、预算单位之间及上、下级预算单位之间的各有关账户必须完全一致，不应再有未达账项。预算单位年终结余资金的数额按照财政部门批复的部门预算数额加上年预算结余数额减当年财政国库已支付数额（包括财政直接支付数额和财政授权支付数额）和应缴回财政部门数额后的余额计算。无论财政授权支付还是财政直接支付的结余资金，年终全部转入“财政应返还额度”。下年恢复额度时，财政授权支付结余资金转入“零余额账户”，而财政直接支付结余资金仍保留在“财政应返还额度”科目。支出时，减少“财政应返还额度”。
假设甲预算单位2009年财政部门批准年度预算8000万元，其中财政直接支付预算数3000万元，财政授权支付预算数5000万元。累计预算支出数额7880万元，其中财政直接支付2950万元，财政授权支付4930万元。
（1）年终，甲预算单位依据本年度财政直接支付预算指标数与当年财政直接支付实际数的差额，确认财政直接支付年终预算结余资金数额50万元（3000-2950），应增加财政应返还额度50万元，确认财政补助收A50万元。
借：财政应返还额度——财政直接支付 500000
贷：财政补助收入 500000
（2）年度终了，零余额用款额度必须清零。甲预算单位依据代理银行提供的对账单注销额度时，确认财政授权支付年终结余资金为70万元（5000-4930）。对于财政授权支付年终预算结余资金，应增加财政应返还额度70万元，减少零余额账户用款额度70万元。
借：财政应返还额度——财政授权支付 700000
贷：零余额账户用款额度 700000
下年初恢复额度时，财政授权支付预算结余资金转入“零余额账户”，依据代理银行提供的额度恢复到账通知书：
借：零余额账户用款额度 700000
贷：财政应返还额度——财政授权支付 700000
财政直接支付结余资金下年度恢复财政直接支付额度时，不做处理。仍保留在“财政应返还额度”科目，下年支出使用时：
借：事业支出
贷：财政应返还额度——财政直接支付
（3）如果甲预算单位本年度财政授权支付预算指标数大于零余额账户用款额度下达数，假设两者的差额25万元：
借：财政应返还额度——财政授权支付 250000
贷：财政补助收入 250000
（4）如果下年度收到财政部门批复的财政授权支付上年未下达零余额账户用款额度：
借：零余额账户用款额度 250000
贷：财政应返还额度——财政授权支付 250000
国库管理制度最大优点在于，增强财政工作的公正性；最大限度地节约财政资金；强化预算约束；减少支付中间环节，加快资金到账速度；有利于防止截留、挤占、挪用财政资金，加强廉政建设，加强财政管理监督和提高支付效率。但是，在实际工作中也存在不完善之处，如代理银行按日将支付的财政性资金与国库单一账户进行清算，此时不再办理预算单位当天的业务，缺乏灵活性。这一点需要在改革中采取相关措施，如延长零余额账户支付时间、延后代理银行与国库中心结算时间。这些问题还有待于在实践中日臻完善。
