计算机审计证据的脆弱性，使得运用计算机审计证据来证明被审计事项时，必须加强鉴定和分析，以降低审计风险。对作为审计证据的电子文件、其内容是否被计算机网络入侵者或由被审计单位自己篡改、伪造的审查，将是对计算机审计证据进行鉴定和分析的最主要工作。
1.真实性。查明计算机审计证据的来源、形成的时间、地点、制作过程及设备情况，有无伪造和删改的可能性。一般说来，由第三方（如中间商或网络服务商）来储存记录或转存的计算机证据具有较高的证据效力；被审计事项的事实和行为发生时留下的计算机证据的效力较以后专为诉讼的目的而形成的计算机证据更为真实；对于自相矛盾、内容前后不一致或不符合情理的计算机审计证据，应小心对待，不可轻信，对不能排除合理怀疑的计算机审计证据不得采纳。
2.合法性。包括收集手段是否合法和形式条件是否合理两部分。有些审计证据其本身也有证据力，但在收集过程中，违背了规定的手续和程序，因而也就不具有法律效力，也不能用来证实问题，为此，鉴定分析计算机审计证据时，要了解证据是以什么方法、在什么情况下取得的，是否违背了法定的程序和要求，是否符合法律规定的形式要件，这样有利于判明审计证据的真伪程度和效力。
3.相关性。查明计算机审计证据反映的事实与被审计事项有无关系，只有与被审计事项的事实或逻辑上是相关的事实才能被认为是证据。
