（三）、不计生态环境效果。对野生特色产品的开发，在没有重大技术突破的情况下，特别是在野生人工驯化栽培技术尚不过关的情况下，此类特色产品的开发必须以不破坏生态环境为前提。否则将会造成破灭生态平衡的严重后果。
（四）、推行“命令农业”。农民在农业生产经营中的主体地位是无可争议的，然而在现实工作中，政府官员无视农民的主动性和创造性，政府的过多干预，势必导致农民动作的整齐划一、难有特色，农民也主要听命于政府而忽视市场需求，其结果对于发展特色农业来说可能又是灾难性的。
（五）、发展特色农业与节水的关系。特色农业中的蔬菜、水果、瓜类、花卉等均是耗水作物，部分特种养殖业不仅消耗水资源还有可能造成水源污染。因此，应处理好发展此种特色农业与节水间的关系，积极发展节水的特色农业，农业节水措施、工程节水措施、材料节水措施及管理节水措施的应用在发展特色农业时非常必要。否则，特色农业即使经济效益再高也是难以为继的。
（六）、发展特色农业与保障主要农产品基本供给的矛盾。发展特色农业和保障主要农产品供给，是密切关联的两个问题：增收和增产。发展特色农业也要有一个过程，二者均不应追求不现实的速度，否则既可能带来市场问题，更可能影响本地区的食物保障，同时亦可能导致经济波动。
（七）、区际产品和产业结构趋同。国家经贸委、国家计委、外经贸部联合发布的《中西部地区外商投资优势产业目录》中，将粮食、蔬菜、水果、禽畜产品，水产品贮藏、保鲜和加工均列为西部各省、市、区的优势产业和重点投资领域，这就有可能引致区际农业产业结构的趋同，并进而导致无序竞争、效益下降和生产波动等一系列问题。对此决不可忽视。
