另一方面，组织法规定了村民自治要在党的领导下进行，村委会在党支部的领导下开展工作，那么，如何对村委会实施政治、思想和组织领导，以什么方式实现领导核心地位？对于一个具体的行政村来说，哪些事支部说了算，哪些事村委会说了算？支部的领导核心作用如何体现？产生问题如何追究？类似的问题，都缺乏可操作性的规范，在实践中必然造成两委关系紧张。
3、干部素质不高。可以说，现在的农村干部，离村民自治的要求还有很大差距，有以下的表现：
一是宗旨观念淡薄，缺乏为民服务的思想，没有把心思用在工作上，而是把主要精力用在争权夺利上。二是文化水平低，缺少知识、技能来带领群众共同致富。三是新当选的村委会干部，缺乏农村工作经验，领导水平和能力不高。四是家族派性影响。从直选情况看，个别村委会成员是依靠家族势力选上来的。这些人上台后，只能代表少数人的利益。
三、化解摩擦的对策建议
1、理顺领导体制。依据党章、农村基层组织工作条例和村民委员会组织法的规定，重申支部与村委会的领导与被领导的关系，村民自治必须在党支部的领导下进行。明确两委的工作职责和工作分工，支部书记主持全面工作，主任在支部的领导下抓好村务工作。
一是要合理地分权。从现代化管理的角度讲，民主政治中权力体制的合理化、科学化程度是衡量当代政治体制及行政体制合理化、科学化的标尺。分工是科学化的第一步，分权是现代化管理的前提。实践表明，农村支部书记过去里里外外一把手的行为模式弊端突出，村民委员会组织法的颁布顺应了社会文明进步和市场经济的需要，确立了我国农村民主政治的基本框架。支部书记必须带头维护好这个法，树立依法行政的观念，积极支持村委会委员依法办事。
二是实行责权定位。村党支部要掌握有所不为，才能有所为的领导方式。党章规定：“党的领导主要是政治、思想和组织领导”，这从根本上界定了党的领导应该是在政策性、方向性、全局性问题上实现更高层次上的领导，这正是当前农村党支部有所为之处；而事务性、职能性、技术性的工作管理，交给村委会，这是党支部有所不为之处。尤其是在当前农村工作中，本来人数有限，双方的工作范围和对象往往相互交叉，相辅相承。
三是党支部要转变监督方法。在直选以前，村委会的职能大部分由党支部行使，在监督上两委职能含糊不清，对村委会的工作更多的是安排、指示，采取行政监督的工作方法；直选后党支部一是要运用法律进行监督，建立村民自治章程和村规民约；二是要积极探索新形势下农村民主监督的有效形式，使人民群众的自治水平得到进一步提高。
2、完善两委决策、管理、工作和用人机制。首先要理顺决策机制，有效形式是两委联席会议制度。其次是理顺工作机制，建立健全议事规则和工作制度，包括集体领导、分工负责、例会制度等。当前应着力健全村民代表会议制度和村委会办公会议制度。再次要理顺管理体制，走制度化、民主化、法制化的路子，努力做到村里各项事务的管理都有章可循；提倡两委成员交叉任职，对非党村干部，条件具备的，及时充实到支部班子当中；对村干部的目标管理、民主监督、培训、审计，都应该制定相关制度；对村民的管理制定出制度，体现在村规民约中；村务的管理也要用一系列制度来规范。最后要理顺用人机制，按照党管干部的原则，村支部对候选人都有考察的责任。
3、建设高素质的两委班子。首先要选优配强支部书记。对基层组织薄弱的村书记岗位，可打破地域、身份限制，向社会公开招聘，实行公职化管理；其次要加大对现有村干部的培训力度，把书记、主任和新进班子成员作为系统培训重点，提高他们的素质和能力。要从政策措施上解决村书记难当难选的问题；要积极保护农村支部书记（包括退下来的老书记）的待遇问题，建立从优秀支部书记中选拔乡镇干部制度；再次，要从基础工作入手，多渠道培养后备人才。
