目前法院经费收支管理实行的“收支两条线” 的管理模式，即法院收取的诉讼费全额上缴财政，由财政统筹后，再以“业务补助经费”拨给法院。财政在统筹时，将法院上缴的诉讼费按比例分成，大部分回拨给基层法院，再将一定比例的诉讼费作为统筹基金，分配给较不发达的基层法院，这样，在办案经费分配上，满足了发达地区法院的需求，又兼顾了不发达地区的法院。实行“收支两条线”，使监督部门能够发挥监督的作用，根除了法院在收费上存在的种种问题。但是，实行“收支两条线”，最大的缺点就是把经费的主动权完全地交到财政部门手中，财政拨款是否及时，是否充足，会直接影响着法院的审判工作，使地方政府有条件对法院的审判工作进行干预、干扰，影响了法院司法独立。因此，实行“收支两条线”，虽然在目前经济变革日新月异的时期对于把有限的资金统筹安排，改善法院的基础建设和硬、软件建设起到一定作用，但在不久后的将来，会成为司法改革进程的一种阻碍。
只有对“收支两条线”进一步进行完善，在“收支”的“支”上，建立起独立的司法预算制度，并立法给予保障，即将经费预算分为两部分，一部分由最高法院编制全国法院系统（包括普通法院和专门法院）全年的开支预算，而这个收支预算，则建立在各个法院年初预算的基础上，由各个法院每年所需的建设资金、人员经费组成。这部分的开支预算，在年初由最高法院交国务院主管部门审核，单列入国家预算，报经全国人大批准，国务院主管部门保证按预算拨款。另一部分由办案经费构成，由于办案经费是随案件的多少而增减变动，属于不可预计因素，因此这部分经费由各级法院根据实际情况逐月按需向同级财政提出，同级财政用法院上缴的诉讼费形成专项经费。专款专用，限时拨给法院使用。专款的年终结余用于统筹，保证下一年度的经费。这样，既有利于充分调动各个法院的工作积极性和主动性，使经费得以充足的保障，又能体现其灵活性，使资金得到最有效的利用。也只有这样，才能建立起独立的司法预算保障制度，才能真正实现法院司法独立与司法公正，真正实现“法治”。
