我们之所以提出“过渡型”观点，主要是基于以下两点原因：（1）考虑到我国农业经济的现实状况和农业税制实行40年来给农业已经造成的根深蒂固的影响，采用由现行农业税制向“两税型”转变的方式显得更为自然、平缓，不致于给农民的纳税观念造成过分的冲击，有利于新旧税制的前后衔接。同时，参考我国个人所得税的征管现状，加上农业税的纳税人在数量上将会多于个人所得税的纳税人，陡然转变为“单税型”显然不太切合实际，也会给本来已困难重重的农业税的征管增加更大的难度。应该有俟于个人所得税的征管模式走向完善和成熟时，农业税制再向所得税的方向发展。目前，以“两税型”作为过渡性的安排是较为稳妥的，也是较为切实可行的。（2）在我国整体税制与国际接轨的大环境中，农业税制也存在着与国际惯例逐步接轨的问题。世界上大多数国家一般对农业生产经营所得征收所得税，即对农业生产经营所得扣除一定的成本费用后，按照超额累进税率计算征税，如法国、德国、英国、澳大利亚、意大利、印度、马来西亚、新加坡等。因此，将所得税作为我国农业税制改革的长远发展目标是必要的。
应当指出的是，在农业税制的改革中，存在着农业税的税种与其他税种之间的关系问题。比如，农业土地使用税与土地使用税以及耕地占用税的关系，农业增值税与增值税的关系，乃至农业所得税和个人所得税的关系等。众所周知，我国长期以来对农业基本实行的是一套独立的税制体系，这也是由我国的现实国情所决定的。在今后的改革与发展中，是继续保持其独立性，还是依法将农业税或其部分征税对象与其他税种合并征收，是一个值得思索的问题。有的学者就建议“开征农业产品税把农业特产税和一部分农村工商税合并征收，解决了农民长期反映强烈的一个产品征两道税的误解”。 在我国台湾地区，有学者提出从“放弃农民与非农民身份之认定标准”入手来解决台湾现行农业税赋问题，并认为：“在税赋之课征上，以职业为区分之标准，理论上即有其缺陷。在税赋稽征之立场而言，农民与非农民并无不同，农业税赋与非农业税赋之差别，仅在于针对产业之特性而异。因此，不论农民或非农民均一律须申报综合所得税，并订定合理的最低基本所得下限，不论农民或非农民之所得未达此基本所得时，即毋须缴纳综合所得税，但超过此下限者，即须按其所得之多少缴纳特定之税赋。”
我们认为，对待这一问题，亦应采取区分阶段性目标与最终发展方向二者关系的态度。换言之，从我国现实国情出发，在相当长的一段时期内，仍然应当保持农业税制体系的独立性。今后在农业经济体制和农业经济结构趋于稳定，农业的商品化已达到一定程度，且征管体制网络化、成熟化时，应当逐步减弱并最终消灭农业税制体系的独立性，即“放弃农民与非农民身份之认定标准”。当然，“在我国要像西方市场经济国家一样，对农业与其它纳税对象实行同样的税制，恐怕还不是短期内能办到的事情”。
（三）与农业税制改革关系密切的农村税费和税收征管问题
还必须清楚认识到，仅仅依靠修订《务例》和改进农业税制本身并不能够对现在的农业税的征管状况带来根本上的改进。其中一个非常重要的原因就是“农业税费”现象。实践中，农业税已经无法保持其独立性，而是与众多的“费”联系在一起，成为一个不可分割的、被普遍使用的概念。一般所说的“农民的负担”主要指的也就是“农业税费” ，而且实际上其中“费的负担”要远重于“税的负担”。同时，农村税收征管“难”中，“收费难”亦占据了相当的地位。
当然，“税费不分”并不是农业税收中独有的现象。“在中国，目前一种非常值得注意的现象是：税收在政府收入中的占比偏低”，“税收占比偏低的同时，便是各种收费和债务收入占比的偏高。由税收‘缺位’和各种收费、债务收入‘越位’可能引发的诸方面风险，不容忽视”。由于我国农业人口众多，所以这一现象在农业税收中反映极为突出，“有引发或激化社会矛盾的可能”。 以至于法理学家们在探讨“当代中国法与正义、利益关系的理论与实践”的重大课题时，都把“农民负担合理与否”作为展开论证的引例。
