1、缺乏合作知识的宣传培训
农民专业合作社在我国尚处于发展的初级阶段，还是一个新生事物，很多人知之甚少，主要原因是宣传不到位。虽然国家2006年出台了《农民专业合作社法》，对发展农民专业合作社的重要意义、发展原则、组织管理、设立登记等都有明确规定，但由于宣传不够，又往往停留在报刊杂志、广播电台和领导讲话上，很多干部群众没有听到，也没看到，从而造成对发展合作社的必要性和对合作社的性质与作用认识不够。近几年省里通过开现场会和培训会，解决了各级政府和农业（经管）部门的思想认识问题，培养了一批合作知识辅导员，但还是难以适应合作社发展的需要。各地也开展了一些针对合作社管理人员的培训，但培训人数太少，合作社对成员的培训就更少了，往往只有一些技术性培训。由于缺乏平等互助的合作意识，导致合作社发展中存在“利益驱动”现象，有些政府官员认为，农民专业合作社是市场经营主体，又不纳税，没有好处；有人还认为是农民自己的事，政府不要去管；有些生产、加工和销售的龙头企业领办者，看到政府对农民专业合作社有扶持，纷纷包装挂牌农民专业合作社；有些专业大户领办者，以为办合作社等同于办公司，在盈利分配上完全按股金分配，在民主管理上，也是投资多的成员或理事会少数人说了算，完全不知道农民专业合作社是按交易额（量）分配为主，成员有平等管理合作社的权利。有些农民加入合作社的目的也只是为了得利，没有履行义务的意识，没有管理合作社建设合作社的主人翁意识。
2、政府部门指导力度不够
农民专业合作社既涉及到合作知识和组织管理，又涉及特色产业和技术、市场等问题，还涉及领办者带领成员共同致富的奉献精神，没有懂合作知识和有技术、有管理经验的人去指导，很难做到依法办社，很难成为政府推动“三农”工作的抓手，也很难得到农民群众的拥护。过去政府部门指导不够主要表现在四个方面：一是懂合作知识的辅导员太少。每个县（市）只有×-×人参加过培训，而且往往只有×个专职人员，有些还是兼职。乡镇一级基本没有专职人员。村里基本没人管，指导服务很难到位。二是深入农村指导服务的工作作风不够扎实。现在的指导最多只能跑马观花，很难做到深入细致开展调研和指导。而这项工作唯有直接向群众宣传，有针对性地指导合作社的管理人员，才能取得良好效果。我国解放初期的初级农业合作社，就是依靠各级干部深入农村宣传指导的。三是典型示范不够。典型示范是推动合作社发展的最有效的工作方式，但由于政府扶持和部门指导不够，导致典型示范太少，规范运作欠佳，服务效果有限。四是没有正确处理好规范与发展的关系。我们的基层指导者和农民专业合作社，往往强调“先发展，后规范”和“边发展，边规范”的合作社发展思路，缺乏“以规范促发展”的指导思想，一个县（市）、一个行业做几个盆景式的合作社，还不能做到规范运行，最后必然影响发展。老百姓看不到好处，影响加入的积极性，合作社也可能没有生命力，政府的政策扶持也很难加大力度。只要能办出一部分规范的合作社，让广大农民偿到甜头，夯实合作社服务基础，使农业增效，农民增收，合作社就会加快发展，政府也就会下定决心加大力度支持。
3、合作社内部运行机制不健全
目前，在农民专业合作社发展中，普遍存在内部运行机制不健全的问题，主要表现在内部机构不健全、决策不民主、分配不合法等方面，最突出的问题是利益关系不顺，核心是合作社能否给成员带来增值利润，这是合作经济的实质。实际上，国家出台的《农民专业合作社法》和农业部出台的《农民专业合作社示范章程》，对农民专业合作社的内部运行机制规定得既有原则又具体，具有很强的操作性，但由于我们的领办者和指导者一般只有企业、事业、社团和其他社会组织的管理经验，往往凭借经验管理和指导合作社，恰恰农民专业合作社有其特殊性质，不同于其他任何组织。只要合作社领办者和指导者都能认真学习深入贯彻有关农民专业合作社的法律法规，弄清了合作经济的实质和作用，就是使合作者都能享受通过合作带来的增值利润，农民加入合作社的目的，也就是为了得到生产、加工、流通领域增值利润的好处。就不难理顺农民专业合作社的内部运行机制。
